Habib Abu Bakar Assegaf memiliki nama lengkap Abu Bakar bin Muhammad bin Umar Assegaf. Putra Habib Muhammad bin Umar ini lahir di Besuki, Situbondo, Jawa Timur pada 6 Dzulhijah 1285 H yang bertepatan pada 30 Maret 1869.

Sejak kecil, Habib Abu Bakar Gresik dikenal sebagai sosok yang rajin belajar. Bahkan setelah kembali dari Hadramaut, ia tak selalu menggunakan waktunya untuk belajar dan meminta ijazah atau berkah dari para ulama salaf saat itu.

Dia pun mulai perjalanan dakwahnya dengan membuka majelis taklim. Sejak saat itu banyak orang dari berbagai daerah hingga luar negeri datang untuk sekadar berkunjung, bahkan sampai ada juga yang minta didoakan.